Penggunaan struktur pelindung tanaman (SPT) atau dikenali juga sebagai struktur lindungan hujan dapat memberikan hasil yang optimum kepada tanaman fertigasi yang diusahakan.

Struktur pelindung tanaman dapat melindungi tanaman daripada terkena hujan dan mengakibatkan pokok dijangkiti kulat. Ini dapat mengurangkan penggunaan racun kulat pada tanaman. SPT ini dapat menjamin pengeluaran hasil yang optimum kerana setiap pokok mendapat air dan baja yang mencukupi walaupon hari hujan.

Jika system fertigasi yang tidak menggunakan SPT, semasa musim hujan, air hujan akan bercampur dengan air baja di dalam polibeg dan mengakibatkan kandungan baja di dalam media tanaman menjadi cair. Kecairan air baja ini akan mengakibatkan tanaman tidak dapat nutrient yang mencukupi dan pengusaha juga akan mengalami kerugian kerana pembaziran baja serta mendapat hasil yang kurang pada musim hujan.

Asasnya struktur pelindung tanaman diperbuat daripada besi dan atap polietina lut sinar. Tujuan menggunakan atap polietine lutsinar kerana ianya tahan lama dan membenarkan cahaya melaluinya secara terus. Dengan ini pokok dapat melakukan proses fotosintesis kerana mendapat cahaya yang cukup.

Terdapat pelbagai bentuk SPT. Antara bentuk SPT yang terkenal adalah bentuk terowong. Bentuk ini membolehkan atap plastic yang dipasang lebih kukuh dan menggalakkan cahaya matahari masuk secara optimum.
Ada juga SPT yang dipasang jaring kalis serangga. Penggunaan jaring kalis serangga dapat mengelakkan tanaman daripada serangan serangga dan tempias air hujan. Tetapi penggunaan jaring ini akan mengakibatkan suhu di dalam SPT panas dan pengusaha terpaksa melakukan pendebungaan berbantu pada tanaman kerana ketiadaan serangga.

Jika dilihat pada projek-projek fertigasi yang dijalankan oleh pengusaha di Malaysia, kebanyakan mereka tidak membina SPT kerana kos pembinaan SPT yang mahal. Dengan itu pengusaha terpaksa menggunakan racun kulat dan serangga untuk melindungi tanaman mereka daripada serangan penyakit.